Geheimnisse können ganz schön gefährlich sein! Phineas und Ferb dürfen nicht erfahren, dass ihr Schnabeltier Perry in Wirklichkeit ein Geheimagent ist. So kann Agent P. nicht eingreifen, als die Jungs seinem Erzfeind Dr. Doofenschmirtz begegnen. Phineas und Ferb wissen leider nicht, dass der Wissenschaftler böse ist, und helfen ihm, seinen „anderen Dimension-Inator“ zu bauen. Damit öffnen sie ein Portal in eine alternative Dimension. Hier begegnen sie einem noch böseren Dr. Doofenschmirtz, einem Schnabeltier-Cyborg und ihren anderen Ichs. Ein überdimensionales Abenteuer beginnt