Dr. Doofenshmirtz hat einen Macht-Absaug-Inator gebaut. Sein Strahl erwischt die Raumstation von Phineas und Ferb, wird zur Erde zurückgelenkt und trifft in New York auf Marvels Superhelden. Schlagartig kann Spider-Man nicht mehr an Hauswänden hochklettern, Iron Mans Rüstung funktioniert nicht mehr, der Hulk muss ohne Superkräfte auskommen und Thor kann seinen Hammer nicht mehr schwingen. Sie denken, dass Phineas und Ferb dahinterstecken, und stehen plötzlich vor deren Tür. Natürlich wollen die Jungs helfen, doch leider funkt Candace dazwischen. So geraten die machtlosen Helden in immer größere Gefahren, denn vier Superbösewichte fordern sie zum Kampf heraus. Mission Marvel beginnt und ein Super-Schnabeltier muss eingreifen